2035 yılında, Japonya’daki bir araştırma tesisinde “The Burst” olarak bilinen bir olay meydana gelir ve hızla genişleyen, tüketen ve kendi kendine çoğalan “Madde” ortaya çıkar. Bu düşmanca Madde, Kurobe Boğazı’ndaki barajların ve askeri tesislerin kalıntıları boyunca ilerlerken, okyanusa ulaşmasını engellemeye çalışan görev güçleri ve varlığının ardındaki gerçeği arayan paralı askerler tarafından kuşatılır.
Aiko Tachibana, Maddeden kurtarıldıktan sonra sürekli tıbbi gözetim altında yaşamaktadır. İyileşme sürecini kağıt uçaklar yaparak geçirmektedir. Ancak, transfer öğrenci Yuuya Kanzaki’nin okula gelmesiyle günlük hayatı altüst olur. Yuuya, Aiko’nun vücuduyla ilgili birçok tutarsızlığı ortaya koyar. Neden hiç yaralanmıyor ve neden bir anda tekerlekli sandalyeye ihtiyaç duymuyor? Yuuya, Aiko’nun varlığının bildiğinden daha fazlası olduğunu ve yalnızca onun The Burst’ü sona erdirmek için anahtarı elinde tuttuğunu iddia eder.
Birçok grup artık Aiko ile ilgilenirken, Aiko ve Yuuya müttefikler toplamalı ve üzerlerine çökmek üzere olan ağ kapanmadan önce enfekte olmuş boğazın kalbine tehlikeli bir yolculuğa çıkmalıdır. Onlara karşı hareket eden komplodan kaçabilmek için, ikili su gibi akan bir düşman olan Madde’ye karşı mücadele etmek zorundadır.
